Чтобы защитить страну от Годзиллы, если она вдруг опять нападет на Японию, ученые сконструировали Механическую Годзиллу - гигантского управляемого робота, наделенного всеми функциями, имеющимися у живого монстра. В процессе создания робота были использованы полностью органические ткани организма монстра, выращенные искусственным образом из молекул ДНК Годзиллы, которые были сохранены с 1954 года, со времени первого нападения чудовища на Японию. Настоящий монстр Годзилла, конечно, просыпается и идет крушить японцев. Те выставляют на бой Меха-Годзиллу.

Что от нас нужно инопланетянам? Деньги? Землю? Воздух? Земные женщины! У них там какой-то монстр коллекционирует со всех Галактик особ слабого пола, поэтому его посланцы вылавливают с помощью радиоволн наших прелестных дам, уменьшают до нужного размера и сажают в колбочки. Так бы они всех женщин к себе перевезли, но, во-первых, не все радио слушают, и во-вторых, на пути инопланетян встает Дэн О'Дэйр, ведущий популярнейшей радиопрограммы.

Планета Земля решает отомстить людям за неправильное отношение к природе и насылает на них злобного монстра Баттру. Единственное спасение от него - гигантская бабочка Мотра, но она давно спит, и её нужно разбудить. К тому же есть ещё и Годзилла, и никто не знает, чью сторону он примет в этой битве.

К концу 20-го столетия японцам удалось создать электронную систему слежения за Годзиллой, что не спасало от нашествия монстра, зато, по крайней мере, давало людям возможность знать, куда в очередной раз направляется «верзилла». Однажды в результате нападения Годзиллы не только был разрушен целый город, но и своим огненным дыханием монстр расколол скалу, возраст которой насчитывал не один десяток миллионов лет. Расколовшаяся скала высвободила летающую тарелку, которая спустя некоторое время трансформировалась в гигантское чудовище инопланетного происхождения. Наступил день, когда в решающей битве сошлись Годзилла и Орга…

Загадочная авария в туннелях под мостом-шоссе Токио Бэй Аква-Лайн ставит на уши аварийные подразделения мегаполиса. Шеф МЧС Японии созывает всех, чтобы выявить причину аварии и найти возможные решения сложившейся проблемы. Чиновники ещё не знают, что это только начало. Гигантское существо, известное как Годзилла, встало на путь разрушения.

Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, - абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь. Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра - от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и с Меха-Годзиллой...

У берегов острова Гуам при невыясненных обстоятельствах потерпела крушение американская подводная лодка. Адмирал Татибана убежден, что катастрофа произошла по вине Годзиллы, короля всех монстров, и что спустя почти полвека после первого нападения на Токио Годзилла возвращается, чтобы уничтожить Японию. Чтобы подтвердить или опровергнуть утверждение адмирала, его дочь Юрико, репортер популярной телепрограммы, пытается выяснить, что скрывается за тремя совершенно различными происшествиями, которые случились в трех разных районах страны. Она знакомится с таинственным стариком Исаямой, и он рассказывает Юрико о трех монстрах, контролирующих небеса (Королевская Гибра), морские просторы (Мотра) и земное пространство (Барагон). Только им под силу справиться с разгневанной Годзиллой…