Чтобы защитить страну от Годзиллы, если она вдруг опять нападет на Японию, ученые сконструировали Механическую Годзиллу - гигантского управляемого робота, наделенного всеми функциями, имеющимися у живого монстра. В процессе создания робота были использованы полностью органические ткани организма монстра, выращенные искусственным образом из молекул ДНК Годзиллы, которые были сохранены с 1954 года, со времени первого нападения чудовища на Японию. Настоящий монстр Годзилла, конечно, просыпается и идет крушить японцев. Те выставляют на бой Меха-Годзиллу.

Что от нас нужно инопланетянам? Деньги? Землю? Воздух? Земные женщины! У них там какой-то монстр коллекционирует со всех Галактик особ слабого пола, поэтому его посланцы вылавливают с помощью радиоволн наших прелестных дам, уменьшают до нужного размера и сажают в колбочки. Так бы они всех женщин к себе перевезли, но, во-первых, не все радио слушают, и во-вторых, на пути инопланетян встает Дэн О'Дэйр, ведущий популярнейшей радиопрограммы.

Планета Земля решает отомстить людям за неправильное отношение к природе и насылает на них злобного монстра Баттру. Единственное спасение от него - гигантская бабочка Мотра, но она давно спит, и её нужно разбудить. К тому же есть ещё и Годзилла, и никто не знает, чью сторону он примет в этой битве.

К концу 20-го столетия японцам удалось создать электронную систему слежения за Годзиллой, что не спасало от нашествия монстра, зато, по крайней мере, давало людям возможность знать, куда в очередной раз направляется «верзилла». Однажды в результате нападения Годзиллы не только был разрушен целый город, но и своим огненным дыханием монстр расколол скалу, возраст которой насчитывал не один десяток миллионов лет. Расколовшаяся скала высвободила летающую тарелку, которая спустя некоторое время трансформировалась в гигантское чудовище инопланетного происхождения. Наступил день, когда в решающей битве сошлись Годзилла и Орга…

Загадочная авария в туннелях под мостом-шоссе Токио Бэй Аква-Лайн ставит на уши аварийные подразделения мегаполиса. Шеф МЧС Японии созывает всех, чтобы выявить причину аварии и найти возможные решения сложившейся проблемы. Чиновники ещё не знают, что это только начало. Гигантское существо, известное как Годзилла, встало на путь разрушения.

Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, - абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь. Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра - от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и с Меха-Годзиллой...